CORSO DI LAUREA MAGISTRALE IN BIOINGEGNERIA

Scheda di Offerta Tesi

Titolo (provvisorio): Procedura automatica per l’identificazione di biomarcatori in ambito oncologico a partire dall’analisi di spettri di massa del proteoma

Relatore/i: Giacomini Mauro, Paolo Romano E-mail:
Indirizzo: Via Opera Pia 13 Tel.: (+39) 010 353 - 6546
Descrizione

Motivazione e campo di applicazione
La ricerca biomedica odierna si basa in larga misura sull’analisi di ingenti quantità di dati prodotti da tecnologie “high-throughput”. È quindi necessario lo sviluppo di strumenti di gestione dei dati, in grado di elaborare le informazioni in tempi brevi e nella maniera più automatica possibile. La tesi proposta è orientata alle esigenze di acquisizione, elaborazione e analisi degli spettri di massa per l’analisi del proteoma, l’insieme di proteine espresse nei diversi tessuti.

Obiettivi generali e principali attività
La tesi proposta si pone come obiettivo l’implementazione di un software che porti all’identificazione di nuovi biomarcatori, molecole in grado di distinguere soggetti sani da malati, in maniera automatica a partire da spettri di massa.
In concreto, il lavoro prevede lo sviluppo e l’implementazione di nuove funzionalità nel software Geena 2 (http://bioinformatics.hsanmartino.it/geena2/), uno strumento per il filtraggio e l’allineamento di spettri di massa MALDI/ToF. Tali estensioni comprendono in particolare la possibilità di utilizzare direttamente come input di Geena 2 i dati prodotti dallo spettrometro di massa, l’integrazione nel software di nuovi strumenti di filtraggio degli spettri, la produzione in output di una valutazione statistica delle differenze esistenti tra gli spettri disponibili in input.

Obiettivi di apprendimento (strumenti tecnici e analitici, metodologie sperimentali)
Nel corso della tesi proposta, lo studente acquisirà e metterà a frutto le seguenti competenze:
• Formati standard per i dati utilizzati in proteomica: mzML e IdentML
• Linguaggio di programmazione PHP e database management system MySQL in ambito Linux
• Metodi di filtraggio di spettri di massa per la proteomica
• Metodi di analisi statistica per la predizione di biomarcatori

Luogo/i in cui si svolgerà il lavoro: DIBRIS - San Martino

Informazioni aggiuntive

Numero massimo di studenti: 1

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